Im Zusammenhang mit dem Lohnsteuer-Abzugsverfahren muss ein Arbeitgeber Kontrollen im Rahmen der Lohnsteuer-Außenprüfung nach § 42f EStG dulden. Die Lohnsteuer-Außenprüfung im Sinne des § 193 II Nr. 1 AO zielt auf eine Kontrolle der Sachverhaltsaufklärung und Rechtsanwendung seitens der Arbeitgeber; sie wird vom Betriebsstättenfinanzamt (Finanzamt) durchgeführt.
Geprüft werden die lohnsteuerliche Erfassung der Arbeitnehmer und ihre Bezüge, insbesondere die Höhe und Vollständigkeit des Lohnsteuerabzugs, die Kirchensteuer und der Solidaritätszuschlag. Die Arbeitgeber haben dabei besondere Mitwirkungspflichten (§ 200 AO) zu beachten. Ein Arbeitgeber hat Auskünfte zu erteilen, Aufzeichnungen, Bücher, Geschäftspapiere und andere Urkunden zur Einsicht und Prüfung vorzulegen und die zum Verständnis der Unterlagen erforderlichen Erklärungen abzugeben.
Neben der damit verbundenen zeitlichen und arbeitsorganisatorischen Belastung der Arbeitgeber fallen weitere wirtschaftliche Belastungen in Form von Sach- und Personalaufwand im Zusammenhang mit der Prüfungstätigkeit der Lohnsteuer-Außenprüfung an.
