F&E-Kostenrechnung dient als F&E-Controllinginstrument der Erfassung der für F&E-Aktivitäten angefallenen Auszahlungen, ihrer Konversion in Ausgaben und Kosten. Dazu ist insb. der aus der Periodenabgrenzung notwendige Ansatz und die Verrechnung von Abschreibungen auf mehrperiodig genutzte Anlagen vorzunehmen.
Wegen der zumindest zeitweise bestehenden, in ihrer Ausgestaltung aber auch unstetigen indirekten Förderung von F&E, kann eine Trennung von Kostenrechnungen zu steuerlichen Zwecken von Kostenrechnungen für andere Zwecke erforderlich sein. Direkte staatliche Förderung einzelner Projekte kann wegen der zu beachtenden Kalkulationsvorschriften (BKFT 75, LSP-Kalkulation für F&E) Einfluss auf die Gestaltung des Kostenrechnungssystems ausüben. Ob überhaupt von F&E-Kosten gesprochen werden kann oder grundsätzlich F&E-Aufwand als Begriff vorzuziehen ist, hängt von den Definitionen der Begriffselemente ab.
Legt man den deterministischen und periodenparallelen Leistungsbezug als Element des Begriffs Kosten fest, kann aufgrund des Charakters der F&E-Aktivitäten (stochastische und zeitverzögerte Input-Output-Beziehung mit Schwierigkeiten der Outputmessung) kaum von Kosten gesprochen werden. Hinsichtlich der im Rechnungswesen üblichen Begriffe bestehen bei der Anwendung auf F&E Unklarheiten, was daran deutlich wird, dass – ersichtlich an starken, auf Auszahlungen für Investitionen zurückgehenden jährlichen Unterschieden – gelegentlich Auszahlungen für diesen Bereich als Aufwand oder Kosten ausgegeben werden. Für die Gestaltung schlägt Dellmann eine wechselseitig verknüpfte Finanz-, Vermögens- und Erfolgsrechnung vor.
Sie erlaubt eine differenzierte Rechnungslegung und stellt zugleich relevante Daten für das F&E-Berichtssystem bereit, das zugleich an den Anforderungen des Bilanzrichtlinien-Gesetzes orientiert ist (Jahresabschlussanalyse). Insbesondere die vorgeschlagene Erfolgsrechnung würde einen höheren Stellenwert in der Praxis verdienen, um zu besseren Effizienzbeurteilungen kommen zu können. Dem stehen aus dem Charakter von F&E resultierende Schwierigkeiten gegenüber, die am ehesten beseitigt werden könnten, wenn der Bereich nicht nur als Cost-Center, sondern als Profit-Center organisiert wäre und so in einen Leistungsaustausch mit anderen Unternehmensbereichen träte wie mit Dritten. Den Gegenargumenten ist der Hinweis entgegenzusetzen, dass es betriebliche F&E-Einrichtungen gibt, die überwiegend für Dritte tätig sind sowie solche, die bereits nach diesem Prinzip arbeiten.
Auf der Ebene einzelner Projekte wird eine „Innovationsergebnisrechnung“ (Innovations-Controlling) bzw. eine „integrierte Kosten- und Leistungsanalyse“ empfohlen. Empirisch ist gezeigt worden, dass eine zunehmende Differenzierung des Rechnungswesens in F&E mit verschiedenen Erfolgsmaßen positiv korreliert ist.
Herkömmlich ist die Gliederung in F&E-Kostenartenrechnung, F&E-Kostenstellenrechnung sowie F&E-Kostenträgerrechnung.
